Jeder Pflanzendünger besteht in erster Linie aus den drei Grundelementen Stickstoff (N), Phosphat (P) und Kalium (K). Zusätzlich sind im Dünger auch geringe Mengen an Calcium, Magnesium, Schwefel und Spurenelemente enthalten. Stickstoff fördert das Wachstum von Pflanzen, Phosphat wirkt sich positiv auf das Wurzelwachstum aus und Kalium fördert die Blüten und Fruchtbildung. Bei jedem Dünger ist der NPK Wert angegeben und dieser gibt das Verhältnis der drei Elemente zueinander an. So können Profis mit dem richtigen Dünger zum richtigem Zeitpunkt das Wachstum des Bonsai optimal unterstützen. Viel Wachstum ist vor allem im Frühjahr zu fördern, wohingegen es im Herbst nicht mehr erwünscht ist. Vor der Wachstumsperiode im Frühjahr ist daher ein Dünger mit einem hohem Sticksoffgehalt (N) zu empfehlen, im Herbst dagegen ist zur Ausbildung der Winterhärte ein Dünger mit höherem Phosphat- (P) und Kalium- (K) anteil ratsam.
Es gibt für Bonsai speziellen Dünger, zur Not erfüllt normaler Pflanzendünger in geringerer Dosierung auch seinen Zweck. Viel wichtiger als die Frage welcher Dünger, ist, dass überhaupt ab und zu gedüngt wird, und dies nicht zu hoch konzentriert.