Zum Gießen lässt sich folgende Regel anwenden: Bonsai erst gießen, wenn die Erdoberfläche leicht angetrocknet ist, dann aber kräftig. Wann die Erdoberfläche angetrocknet ist, erkennen Sie an der heller werdenden Farbe, oder Sie können natürlich auch mit dem Finger prüfen. Der Wurzelballen darf jedoch nie völlig austrocknen. Erst wenig Wasser in die Erde sickern lassen, kurz warten, dann nochmal nachgießen, damit sich die Erde richtig vollsaugen kann, es darf auch Wasser aus den Löchern der Schale abfließen.
Im Sommer wird mehr, im Winter weniger gegossen. Wie oft gegossen wird, ist stark vom Standort, von der Baumart, vom Erdsubstrat, von der Größe der Schale und vom Klima abhängig. Es ist daher nicht möglich, eine pauschale Angabe zu machen, sondern es ist genaues beobachten und regelmäßiges kontrollieren nötig. Wenn der Bonsai mit einer speziellen Gießkanne mit feiner Brause gegossen wird, benetzt sich die Erde besser mit Wasser und das Wasser sickert schnell ein, anstatt seitlich überzulaufen. Ein Bonsai der erst kürzlich umgetopft wurde, lässt sich auch leichter wässern, als einer der schon sehr stark verwurzelt ist, da bei diesem das Wasser eher seitlich an der Schale vorbeiläuft, anstatt in die Erde zu sickern.
Damit sich die Erde vollständig mit Wasser vollsaugen kann, gefällt es dem Bonsai sehr, wenn er ab und zu getaucht wird. Stellen Sie den Bonsai ein paar Minuten in ein mit Wasser gefülltes Gefäß, so dass die Erde mit Wasser bedeckt ist. Wenn keine Luftblasen mehr aufsteigen, kann man ihn wieder herausnehmen. Am besten geeignet zum gießen ist Regenwasser, da es kalkarm ist, oder wenn keines zur Verfügung steht, kann auch mit abgestandenem Leitungswasser gegossen werden.